Le problème des opérations de nettoyage et de désinfection dans les industries agricoles et alimentaires est celui de l’hygiène. Les utilisateurs de matériaux ou matériels destinés à être mis en contact de denrées alimentaires, dans les industries et les commerces de l’alimentation, sont tenus de s’assurer de la propreté de ces matériaux et objets. Le nettoyage et la désinfection sont donc des étapes primordiales de la fabrication des denrées alimentaires, en particulier pour le secteur abattage-découpe. En effet, les matériels et les surfaces de travail utilisés en abattoir et en salle de découpe se trouvent contaminés lors de la période d’activité au cours des différentes étapes des process par les flores microbiennes (pathogènes ou non) naturellement présentes sur les matières premières. Il convient donc d’éviter la multiplication de ces microorganismes durant la phase d’inactivité et de reprendre l’activité avec des matériels et des surfaces de travail propres.

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Les examens complémentaires, en particulier les analyses de laboratoire, sont des outils indispensables à la pratique vétérinaire actuelle. Il convient cependant de les utiliser de manière raisonnée, le nombre d’analyses réalisées étant souvent un élément clé dans la pertinence de l’interprétation des résultats. Les notions de sensibilité, de spécificité et de valeur prédictive d’un résultat négatif ou positif doivent être prises en compte dans l’élaboration d’un plan d’échantillonnage et dans l’interprétation des résultats. Avant de mener des examens complémentaires, il faut bien définir son objectif, puisque celui-ci va conditionner le choix de la ou des méthodes utilisées ainsi que le plan d’échantillonnage. Pour les principales situations dans lesquelles nous utilisons des examens complémentaires (dépistage, diagnostic, estimation de la prévalence, éradication d’un pathogène et recherche d’une dynamique d’infection), des règles pratiques d’échantillonnage sont présentées.